権利書を紛失してしまった場合、どのように対処すればいいですか?また再発行はできますか?

権利書を紛失してしまった場合、再発行はされておりません。
但し、権利書を紛失してしまったからといって権利自体がなくなるわけではありません。

尚、権利書の代わりに保証書を添付して登記する方法が以前ありましたが、平成17年3月の改正不動産登記法で廃止されました。
その制度の代わりに事前通知制度を強化するとともに、資格者代理人による本人確認情報の提供制度を導入しました。(詳細についてはお問合せください)
また、関係機関に確認したところ、紛失した際の対処は以下のようにするのが良いとのことです。

権利書を利用し登記する場合、実印の押印と印鑑証明書(三ヶ月以内)が必要になります。
実印や印鑑証明書・印鑑登録カードを一緒に紛失していない場合、その保管に十分注意してください。(他人が実印・印鑑証明書・印鑑登録カードを利用できなければ、移転登記や抵当権設定登記等が容易にはできない為)

実印や印鑑証明書・印鑑登録カードを一緒に紛失してしまった場合は危険ですので、すぐに役所にて実印の紛失届・改印届を申請し、印鑑証明書の交付が出来ないよう対処する必要があります。

※尚、法務局及び司法書士・役所に確認いたしましたが、実際に権利書を紛失してしまった場合はすぐにご相談下さい。